古代的蒙古人最早信仰薩滿教。薩滿教崇拜神靈，把世界分為三种：天堂在上,諸神居之；地為之中,人類居之；地獄在下，惡魔居之。
黃教、藏傳佛教格魯派的俗稱,因該派僧從戴黃色僧帽而得名。元代由于蒙古貴族的推崇,由西藏傳入喇嘛教,（紅帽派，簡稱紅教）,并在上層統治者之間傳播，蒙古民間多數還是信仰薩滿教。元末，紅教日趨腐化。
十四世紀末葉（明洪武年間），青海藏族喇嘛宗喀巴，鑒于喇嘛教中的腐敗現象，在西藏一些農奴主支持下，發起改革，創立了著名的格魯派。這一派主張僧侶嚴守戒律，著黃色衣帽，被稱為黃帽派，簡稱黃教。
黃教創立之初，在政治上處于劣勢，常受其他教派的壓制和打擊。為使黃教能在西藏站穩腳跟，并進一步取得西藏的統治地位，宗喀巴的弟子們力圖爭取其他民族統治者在政治上、經濟上和軍事上的支持，尤其是明朝和蒙古封建主的支持。
蒙古封建主既然以喇嘛教作為自己的思想武器，自然就力求鞏固喇嘛寺廟的地位，樹立高級喇嘛們的威信，賦予喇嘛各种特權。這就使寺廟和喇嘛在社會上形成了一個強大的政治勢力，并逐步參与和左右蒙古的政治。
蒙古封建主們為了表現自己對喇嘛教的虔誠，爭相把自己的土地、牲畜、金銀財寶和屬民施舍給寺廟。封建主們還規定，免除喇嘛們的兵役、賦稅和其他封建差役。因此喇嘛寺廟占有了越來越多的主地、牲畜和屬民，逐漸形成了一种新的封建領地。
黃教無孔不入地滲入蒙古人民的思想和生活。蒙古人的日常生活，如生老病死，嫁娶節日等無不由喇嘛念經「卜凶問吉」和「解脫超度」，蒙古族貧苦牧民含辛菇苦，節衣縮食，把一生勞動所得的大部分都供奉給喇嘛廟，以表示自己對「布爾紅」（菩薩）的虔誠，希望由此得到神明的保佐，能夠超度苦海，死后升入天國，來世會有幸福。
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